Retour d'émigration
Jouffroy revint d'émigration après la paix de Lunéville en 1801. Que de changements s'étaient opérés pendant son absence ! Son père était mort ainsi que son frère Balthazar ; il rentrait ainsi en possession de son titre de Marquis et reprenait sa place au château d'Abbans. La fortune qu'il lui était léguée lui permettait de faire vivre les siens mais non de réaliser le rêve de sa vie. Ses trois plus grands fils Achille, Ferdinand et Charles étaient déterminés à poursuivre avec leur père la merveilleuse aventure. Ils installèrent une forge et un atelier dans une des tours du château.
Pendant la Révolution, de Follenay avait été crée Maréchal de camp et avait commandé Avignon en 1792. Il n'avait pas interrompu ses relations avec Jouffroy, les deux amis correspondaient sous des noms d'emprunt. Une fois les troubles apaisés, ils reprirent facilement contact, la demeure de Follenay à Lombard étant voisine du château d'Abbans.
Le 24 décembre 1801, Jouffroy écrivait à Follenay : "Comme on me demande un petit modèle, je travaille fort à celui que j'ai commencé ; j'espère qu'il satisfera tous ceux qui le verront. Je chargerai sur mon chariot deux muids de mon vin blanc vieux et, nous deux Ferdinand, nous le conduirons à Paris avec le reste de l'eau de cerise et le modèle. Cela ne retarderait pas beaucoup la construction du grand bateau, parce que le petit modèle a mis Marmillon et même Achille dans le cas de se passer de moi pour beaucoup de choses".
L'expression touchante "nous deux Ferdinand" typiquement comtoise traduit bien l'étroite amitié qui unissait le père et ses fils. Mais ce fut surtout Achille son aîné qui devint son bras droit lorsqu'il fallut passer du stade de l'invention à celui de la réalisation pratique. Quant à Marmillon on peut avoir une haute idée de ses capacités de mécanicien, en voyant la confiance que l'inventeur avait en lui. Le troisième fils du marquis, Charles, ne craignit pas de déroger en épousant la fille de Marmillon.
Un bateau construit d'après le modèle réduit que Jouffroy se proposait de conduire à Paris fut essayé sur le Doubs du Portail de Roche en 1804. Il était encore en progrès sur les précédents. Mais du fond de sa province l'inventeur pouvait difficilement faire connaître ses travaux, il sentit la nécessité de transporter son industrie dans la capitale et en 1806, tout la famille alla s'installer à Paris où habitait une sœur du marquis Madame de Selve.