Jouffroy d'Abbans n'avait pas récolté beaucoup de bienfaits du régime finissant : deux années de jeunesse passées en prison, peu d'encouragement pour ses travaux scientifiques. Et c'étaient ses pareils qui le brocardaient et l'appelaient Jouffroy la Pompe. Son attachement à la royauté n'en était pas moins sincère. Il émigra en 1793 et se rendit à l'armée de Condé cantonnée de l'autre côté du Rhin. Son fils Achille, sous la conduite de son précepteur l'abbé Blond déguisé en voiturier alla rejoindre son père, capitaine d'une compagnie de chasseurs nobles sous les ordres du Vicomte de Mirabeau. Dans ses mémoires Achille de Jouffroy a raconté son arrivée au campement des émigrés à Ettenheim : "Notre arrivée au camp donna lieu à une petite fête, mon père industrieux s'était construit avec des branchages la plus vaste des baraques où il régalait le même soir une vingtaine d'officiers de ses amis".
Son exil dura jusqu'en 1801. Pendant ce temps, les recherches sur la navigation à vapeur avaient progressé à Paris. Les Frères Périer avaient obtenu un brevet d'invention pour une pompe à feu à rotation et étaient entrés en relation avec un jeune Américain du nom de Fulton. Passionné de navigation sous-marine Robert Fulton arriva à Paris en 1796 après avoir passé deux ans en Angleterre. Il rencontra à Paris l'ambassadeur Liwingstone qui s'était occupé à promouvoir en Amérique la navigation à vapeur et qui procura à Fulton les fonds nécessaires pour construire un bateau à vapeur dans les ateliers des Frères Périer. On soupçonna ceux-ci d'avoir livré à Fulton le petit modèle que Jouffroy d'Abbans leur avait envoyé en 1784. Le bateau de Fulton fut lancé sur la Seine le 9 août 1803 : les Parisiens accueillirent cette expérience par des éclats de rire ne se doutant pas que ce qu'ils appelaient la "Folie Fulton" marquait le début d'une ère nouvelle dans la navigation. Liwingstone facilita la tâche de son protégé pour passer à la réalisation économique ; il lui fit obtenir un privilège et lui fournit les ressources financières pour l'exploiter en Amérique.
Le 10 août 1807, le "Clermont" qui sortait des ateliers Brown de New-York, véritable navire destiné à un service de passagers remonta pour la première fois l'Hudson entre New-York et Albany.
Le succès du lancement du bateau à vapeur à Paris, fit que Fulton fut à ce moment, reconnu comme étant l'inventeur. Mais un nommé Desblancs de Trévoux, ancien ouvrier de Jouffroy d'Abbans qui avait fait un essai sur l'Ain se plaignit de la concurrence que cet étranger lui faisait, à quoi Fulton répondit : "Je ne vous ferai point concurrence en Europe ; ce n'est pas sur les ruisseaux de France, mais sur les grandes rivières de mon pays que j'exécuterai ma navigation...
Est-ce de l'invention qu'il s'agit ? ni Monsieur Desblancs, ni moi n'avons imaginé le pyroscaphe ; si cette gloire appartient à quelqu'un, elle est à l'auteur des expériences de Lyon faites en 1783 sur la Saône".
Ainsi c'est avec loyauté que Fulton reconnaissait à Jouffroy d'Abbans la primauté dans l'invention du bateau à vapeur. Mais en Américain préoccupé de rendement, il prévoyait avec justesse que la navigation à vapeur fluviale ferait des progrès plus rapides en Amérique qu'en France où les compagnies de halage travaillaient à prix très modéré.