La marquise de Jouffroy mourut à Port-Marly subitement le 30 août 1829. Son époux en éprouva un cruel chagrin et n'eut plus, dès lors, qu'une idée en tête, se retirer aux Invalides afin de ne pas être à la charge de ses enfants. Dans une lettre émouvante, il leur explique sa détermination, demande quelques meubles, peu d'argenterie, une pendule et surtout ce à quoi il tenait le plus - ses chers outils - "Comme j'ai l'espoir d'avoir une chambre pour y placer mon tour, je m'en priverais difficilement ainsi que de quelques outils". Grâce à eux, il retrouva son équilibre et se plia sans difficultés à la discipline militaire de la maison.
En juillet 1832, le choléra sévissait dans Paris : Jouffroy d'Abbans comme Casimir Périer, neveu de son ancien adversaire, fut victime de l'épidémie. Un jour que l'inventeur était allé voir sa sœur la marquise de Selve qui habitait rue Meslay, il revint à pied aux Invalides . C'est au cours de ce trajet qu'il ressentit les premières atteintes du mal qui devait l'emporter deux jours plus tard le 18 juillet 1832. La famille était dispersée : Charles qui avait épousé Mlle Marmillon était parti pour le Brésil où il avait emmené sa jeune femme et son fils ; Achille dirigeait à Londres un journal français "le Précurseur", sa femme qui habitait Calais ne put prendre le deuil faute d'argent. Hippolyte se trouvait cependant au chevet du malade et il l'assista dans ses derniers instants. Il eut la douleur de voir la dépouille de son père jetée à la fosse commune et recouverte de chaux vive, comme c'était l'usage en temps d'épidémie. Il obtint cependant une place à part pour son père afin de pouvoir lui élever un tombeau. Mais les restes de l'inventeur furent confondus avec les autres et transportés aux Catacombes lorsque le cimetière des Invalides fut supprimé.
A défaut du monument funéraire, plusieurs stèles rappellent la mémoire de Jouffroy d'Abbans : un monument à Baume-les-Dames fut élevé en souvenir du lancement sur le Doubs de son premier pyroscaphe. La Société d'émulation du Doubs procéda en 1884 à une souscription en Franche-Comté puis dans la France entière pour lui élever une statue. Elle fut inaugurée le 17 août 1884 par le ministre Félix-Faure et Ferdinand de Lesseps. Cette statue en bronze, œuvre du sculpteur Charles Gauthier, montée sur un piédestal dû à l'architecte Saint-Ginest, s'élevait sur la petite place qui s'étend devant l'église de la Madeleine, au-delà du Pont Battant et qui a gardé le nom de Place Jouffroy. Pendant la dernière guerre, l'occupant s'empara de toutes les statues en bronze de la ville et les fondit : c'est ainsi que disparut celle de Jouffroy d'Abbans. Pour la remplacer, une autre statue en pierre, œuvre du sculpteur Jegou, fut érigée au bord du Doubs dans l'avenue d'Helvétie.
Une certaine pudeur nous rend un peu trop réservés lorsqu'il s'agit de glorifier nos célébrités locales. Ne craignons pas de trop honorer la mémoire de Claude Dorothée de Jouffroy d'Abbans qui, en même temps que grand inventeur fut un homme simple et vertueux et donna libéralement à son pays sa fortune, son génie, sa vie. Associons à son souvenir, celui de deux Bisontins, ses amis et précurseurs, le chevalier d'Auxiron et Monnin de Follenay qui le soutinrent dans ses premières luttes contre la routine et les puissants du jour. Il est des hommes inséparables de notre histoire et de notre légende, qui appartiennent au monde entier par la grandeur de leur destin : Jouffroy d'Abbans est de ceux-là.
Alexandre GAUTHIER