Expérience de Lyon
Jouffroy allait-il se contenter d'avoir offert un spectacle inhabituel et coûteux aux Dames de Baume et aux Baumois ?
Non, il envisageait déjà les conséquences pratiques de son invention et travaillait sans relâche à la mettre au point. Mais les fonds lui manquaient et son père, peu confiant dans le succès final de l'entreprise ne songeait qu'à préserver le patrimoine familial. Il lui retira son droit d'aînesse pour le transférer à son frère Claude Balthazar, lieutenant au Régiment des Dragons du Roi. Le jour de son contrat de mariage 20 décembre 1780, le soldat reçut le droit de porter le titre de Marquis au décès de son père.
L'aîné, dépossédé des honneurs, obtint néanmoins son émancipation le 6 mars 1783 et la faculté de gérer la part des biens qui devaient lui revenir. Sa sœur renonça même en sa faveur à une partie de son héritage à venir. En attendant une aide financière qui lui permettrait de continuer ses recherches il s'occupait prosaïquement de l'exploitation d'un petit moulin situé en bordure du bois d'Orbège voisin du Doubs en un lieu nommé la Cude.
Cependant, il fallait remplir les obligations qu'il avait contractées envers les actionnaires de la société fondée le 7 juin 1781 avec de Follenay et les héritiers d'Auxiron, c'est à dire qu'il devait exécuter les plans et devis de son invention, en faire un essai probant et construire les machines et les bateaux pour la mettre en pratique.
Paris avait été néfaste à l'expérience d'Auxiron et là, il aurait fallu compter avec les frères Périer adversaires résolus, c'est pourquoi Jouffroy choisit Lyon pour continuer son entreprise. Lyon a été de tout temps un centre de batellerie et le siège de puissantes corporations nautiques jalouses de leurs privilèges, aussi fit-il garder son chantier établi à Vaize, faubourg de Lyon, par un poste militaire.
Des chaudronniers de Lyon, les Frères jean exécutèrent la machine à vapeur dont les plans avaient été remaniés de façon à faire agir la vapeur sans discontinuer. Elle comprenait maintenant deux cylindres dont les fonds étaient réunis par une boîte renfermant une tuile ou un tiroir. Cet appareil ouvrait et fermait alternativement le passage de la vapeur et du réfrégirant. Un parallélogramme articulé formé de deux tringles et de deux traverses poussait tour à tour le tiroir à droite et à gauche. Le système de transmission employé pour faire tourner l'arbre moteur avait été très perfectionné et l'auteur avait remplacé les rames par des roues à aubes de près de cinq mètres de diamètre dont les parties avaient deux mètres de long.
La construction commença en janvier 1782. La machine fut placée sur un bateau, le Pyroscaphe, qui avait environ 45 mètres de long sur 5 mètres de large. Il pesait 13 tonnes à vide et 147 tonnes avec son chargement. Le 15 juillet 1783 une foule de Lyonnais accourut sur les berges de la Saône pour assister à l'expérience officielle du lancement, badauds amusés par l'énorme panache de fumée sortant de la cheminée du Pyroscaphe, mariniers agressifs tout prêts à conspuer l'inventeur si l'essai avait échoué. Mais le bateau remonta majestueusement la Saône depuis l'archevéché jusqu'à l'île Barbe et Jouffroy d'Abbans, monté à bord. Beaucoup de personnalité lyonnaise et de savants, membres de l'Académie des Sciences de Lyon assistaient à cette démonstration et signèrent comme témoins le procès-verbal daté du 19 août 1783 qui fut déposé en l'étude de Maître Baroud, notaire à Lyon.
Le séjour à Lyon de Jouffroy d'Abbans avait eu plus d'un résultat heureux. Pendant ce temps, il logea chez un fermier à Ecully. A l'église de cette petite localité, il fit la connaissance d'une charmante jeune fille Marie-Magdeleine de Pingon du Valier de noblesse savoyarde apparentée à Saint François de Sales. Il l'épousa, ce fut une compagne dévouée et une mère de famille admirable.